ADN environnemental

Monitoring génétique de la faune suisse par barcode multilocus

Le barcoding génétique est une méthode d'identification des espèces, basée sur l'analyse d'un court fragment d'ADN. Elle associe un organisme à la séquence de celui-ci, à la manière d'un «code-barres» qui distinguerait chaque espèce. En général, elle repose sur l'analyse d'un seul marqueur, par exemple le gène codant la cytochrome oxydase I (COI) chez la plupart des animaux.

Toutefois, le barcoding simple est limité lorsqu’il s’agit d’évaluer la diversité génétique au sein d'une même espèce, un aspect pourtant essentiel pour les actions de conservation, car cette diversité joue un rôle central dans la capacité des populations à s’adapter aux changements environnementaux, en leur fournissant le potentiel évolutif nécessaire pour que la sélection naturelle puisse agir. Afin de surmonter cette limite, les scientifiques du Naturéum ont développé une méthodologie innovante dite «multilocus». Cette approche analyse en même temps de nombreux fragments d'ADN. Pour les récupérer, on utilise une technique appelée capture par hybridation, qui agit comme plusieurs cannes à pêche spécifiques qui isolent uniquement les fragments d’ADN recherchés dans un mélange complexe.

Grâce à cette méthode, un seul protocole suffit pour répondre à plusieurs questions à la fois: identifier les espèces, comprendre comment celles-ci sont apparentées entre elles, clarifier des cas où leur classification est incertaine, et décrire comment la diversité génétique est répartie au sein des populations. Cette approche a été tout d'abord mise en œuvre dans le cadre du projet OrthoSwissBOL financé par info fauna, sur les espèces de sauterelles et criquets présentes en Suisse. 

Les résultats récemment publiés montrent que le niveau de menace attribué par l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN, ou IUCN en anglais) ne correspond pas nécessairement au potentiel évolutif des populations tel qu'identifié en mesurant leur diversité génétique. Sur la base des résultats obtenus, le projet a été étendu à un autre groupe d’insectes, les plécoptères. Le projet PlecoSwissBOL est également financé par info fauna. 

Responsables de projet : Nadir Alvarez, Jérémy Gauthier, Laurent Vuataz