Muséomique

Décoder le passé des espèces grâce aux collections d’histoire naturelle

Les collections d'histoire naturelle, comme des archives biologiques, contiennent des millions de spécimens récoltés sur plusieurs siècles. La muséomique est la discipline qui s’attache à analyser l'ADN issu de ces échantillons, y compris lorsque celui-ci est fortement dégradé.

Depuis une dizaine d’années, les scientifiques du Naturéum développent des méthodes innovantes, notamment « HyRAD ». Cette approche permet d’extraire des informations génétiques à partir d’ADN très abîmé, en utilisant de petites sondes qui agissent comme des appâts moléculaires : elles reconnaissent et « accrochent » spécifiquement les fragments d’ADN d’intérêt dans un mélange très dégradé, un peu comme des lignes de pêche ciblant certains poissons. Cette approche, aujourd’hui adoptée à l’échelle internationale, permet d’explorer des périodes temporelles inaccessibles pour les protocoles standards. 

C’est dans cette problématique que s’inscrit le projet decliNe, financé par l’Office Fédéral de l’Environnement (où “Ne” fait référence à la taille effective des populations, c’est-à-dire le nombre d’individus contribuant réellement à la reproduction). Ce projet mobilise les collections entomologiques suisses afin de reconstituer les trajectoires démographiques des insectes au XXe siècle. La comparaison entre spécimens historiques et contemporains permet en effet de quantifier l’érosion génétique et d’en examiner les causes possibles, telles que les changements d’usage des sols, l’intensification agricole ou l’emploi de pesticides. 

Cette perspective est largement absente des études centrées exclusivement sur le suivi de la biomasse, qui ont débuté au mieux dans les années 1970. Toute tentative d'évaluation du déclin est par nature limitée en l'absence de données historiques permettant de connaître l'état initial des populations. Dans ce contexte, la muséomique se présente comme une référence académique majeure.

A noter que la muséomique permet également de reconstituer l’histoire évolutive récente et ancienne de populations et d’espèces aujourd’hui éteintes et uniquement représentées dans les collections d’histoire naturelle.

Responsables de projet : Nadir Alvarez et Jérémy Gauthier